我院是全国最早进行南繁工作的研究单位之一，南繁工作始于1965年。2018年4月，习近平总书记考察南繁科研育种基地时，对南繁工作给予充分肯定和深切勉励，并与我院水稻青年专家亲切握手交谈。目前，海南基地主要位于江苏省南繁中心林旺基地，面积约200亩，主要开展水稻、玉米、棉花等农作物的南繁育种工作。基地配套有院统一租赁的办公和住宿用房以及科研辅助设施等，保障南繁工作高效开展。